Как лекарственное растение применяют как ранозаживляющее, бактерицидное и противовоспалительное средство: настой — как желчегонное, настойка — при ангине, желудочно-кишечных заболеваниях, воспалительных процессах печени, для лечения пародонтоза; мазь — при ушибах, порезах, фурункулёзе, ожогах, дезинфицирует раны.
В качестве лекарственного сырья используются цветки ноготков (лат. Flores Calendulae). Цветки собирают многократно с начала цветения до заморозков через 3—5 дней. Сушат в сушилках при температуре 50—60 °C, реже в воздушных сушилках или под навесами при хорошем проветривании.
В надземной части растения содержатся горечи, дубильные вещества, фитонциды; в семенах — жирное масло и алкалоиды; цветки ноготков содержат эфирное масло, каротиноиды (α- и β-каротины, ликопин, лютеин, виолаксантин и др.), флавоноиды, сапонины, салициловую кислоту, смолы, слизь, органические кислоты, следы алкалоидов.
Препараты, изготовленные на основе календулы, оказывают успокаивающее действие на центральную нервную систему, снижают рефлекторную возбудимость, обладают бактерицидным свойством в отношении ряда возбудителей, особенно стафилококков и стрептококков.
Раствор календулы применяется в медицине, как средство для полоскания горла.